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氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-Seq)

项目介绍

DNA羟甲基化(5hmC)是新发现的一种的修饰碱基,被称为第六碱基。技术上Bisulfite测序并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC),实际上是5mC 5hmC 两种修饰的混合信号,而通过氧化重亚硫酸盐测序(oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq),先将5hmC 氧化为甲酰基修饰(5fC),进而被重亚硫酸盐转换为碱基U,从而排除了5hmC 的干扰,实现DNA 甲基化的精准检测。而同时对样本进行BS-SeqoxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组范围检测,oxBS-Seq是精准甲基化和羟甲基化检测的金标准方法。



技术优势

精准甲基化检测的金标准,单碱基分辨率

WGBS联合可以检测羟甲基化水平

与RRBS联合可以简化基因组羟甲基化检测

技术方法适合所有物种(一般推荐哺乳动物)



科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果
oxBS.png

样本要求:基因组DNA: >= 3ug;样品浓度>50 ng/ul;无RNA和蛋白污染

建库测序:测序策略:Illumina HiSeq, PE150;测序深度:>=30X, oxBS文库; >=30X, BS文库

信息分析


基于全基因组范围的甲基化分析,数据质控,

单碱基5mC/5hmC Calling,

5mC/5hmC在基因组、染色体、功能元件上的分布,

多样本5mC/5hmC差异聚类,

差异DMR/DhMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘






分析内容

OXBS.png








用心服务每一个项目

较早开发羟甲基化测序检测技术方法的团队之一
已完成多种肿瘤及哺乳动物羟甲基化测序及oxBS测序分析
助力客户在Genome biology, Epigenetics等杂志发表多篇论文

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目。


图片 2.png


氧化-重亚硫酸盐测序 (oxBS-Seq)

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