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简化基因组甲基化测序(RRBS)

项目介绍

简化基因组甲基化测序 (Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS) 是通过限制性酶切的方法
富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段,经Bisulfite处理和高通量测序技术
进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。
相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案,
测序量大幅减少,在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。


技术优势

高性价比DNA甲基化测序方案

具有Bisulfite测序单碱基分辨率

富集CpG岛和启动子区域,测序目标性强

适合动物物种,哺乳动物可以检测高达0.5M以上CpG位点

多样本的覆盖区域重复性可达80%以上


科学方案设计

从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析,

每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计;

及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。

信息分析

基于简化基因组范围的甲基化分析,数据质控、5mC Calling, 

5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布

多样本甲基化差异聚类、差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,

结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

分析内容

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用心服务每一个项目

最早开发简化基因组甲基化测序技术方法的团队之一

已完成人、小鼠、大鼠、猪等多种哺乳动物简化基因组甲基化测序分析

助力客户在EpigeneticsEpigenomicsBMC genomicsBMC Genetics等杂志发表多篇论文

专业的技术支持,严格的实验把关,丰富的项目经验,高效的沟通机制,用心服务好每一个项目




简化基因组甲基化测序(RRBS)

Q1:为什么RRBS主要应用于哺乳动物?

RRBSMspI酶切将CpG位点富集出来进行测序,该酶的酶切位点为CCGG,因此RRBS只能检测发生于CCGG /GGCC位点的胞嘧啶甲基化修饰现象。哺乳动物中DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸的胞嘧啶上,而植物基因组甲基化位点广泛分布在CpG和非CpG位点(CHH,CHG),因此,RRBS主要运用于人、小鼠和DNA甲基化主要发生在CpG二核苷酸的胞嘧啶上的哺乳动物,其它动物物种想做RRBS,最好先进行评估该物种基因组上CCGG位点特征。

Q2RRBS测序覆盖区域如何?

RRBS一般可以覆盖80%以上的CpG岛和Promoter(这注意:这个比例仅仅是针对数目,RRBS覆盖某个Promoter区域的5CG位点,即算覆盖该Promoter);而且与测序深度、测序质量等有关;

Q3:那些因素会影响大样本RRBS测序结果?

RRBS一般适合人、鼠等哺乳动物大样本甲基化研究,在做类似Case Vs. Control对比研究课题中,多样本测序覆盖区域的重叠比例很重要,这与样本DNA质量(要求DNA完整性好,而片段化的FFPE样本会差很多)、实验流程及测序深度、测序质量等都有关。


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